Non tutti sanno che in quel periodo i chioggiotti erano noti nel dogado per le loro doti guerresche, infatti tutto il medioevo è costellato di episodi che vedono i nostri antenati in armi, costretti a fare di necessità virtù. Il benessere che viveva la città derivava principalmente dal commercio del sale, prodotto nei numerosissimi fondamenti che circondavano letteralmente le due Chioggie. Una serie di torri e castelli proteggevano "l'oro bianco", fonte di ricchezza ma anche oggetto delle mire espansionistiche dei padovani, che per secoli tentarono di impadronirsene, mal accettando il dover comprare sale dai clugiensi.

Nel 1290 i padovani costruirono in laguna a Petta di Bo' una fortificazione, per costruirci attorno delle saline, contravvenendo ai trattati che lo impedivano. Il forte venne assalito e distrutto dai clugiensi, i padovani parte uccisi, parte catturati.

La nostra prontezza alle armi fu decisiva per la salvezza del Dogado nel 1310. Nel mese di giugno i chioggiotti con a capo il loro podestà accorsero a Venezia in soccorso del Doge contro Baiamonte Tiepolo e i suoi congiurati, dando un aiuto determinante tenendo la piazza salvando la Repubblica dalla dittatura.

Nel 1336 alla conclusione della guerra contro il veronese Mastino della Scala, che vide Chioggia quartier generale della coalizione antiscaligera, venne statuito che il giorno di Santa Cecilia, giorno in cui fu recuperato il castello delle saline che era stato preso dagli scaligeri con grave pericolo per la citta, fosse celebrato solennemente e aggregato all'elenco delle feste solenni.

Le due Clugie seppero sempre risollevarsi dalle varie vicende belliche, grazie alla salda economia basata sui fiorenti commerci, ma era alle porte quell'evento devastante che tanto avrebbe influito sul futuro della città: la Guerra di Chioggia.

Nel 1378 iniziano tutta una serie di episodi bellici tra le repubbliche marinare di Genova e Venezia per l'egemonia degli scali commerciali d'oriente. Nell'agosto del 1379, vinta la flotta veneziana a Pola, i genovesi incrociano con la flotta lungo la costa veneziana in cerca di un punto debole. Grazie all'aiuto di un esercito padovano alleato, i genovesi dopo vari tentativi con un assalto combinato da terra e da mare dopo alcuni giorni di feroci combattimenti conquistano Chioggia e vi si asserragliarono.

La città rimase in mano nemica sino al 24 giugno 1380, quando dopo 10 mesi di assedio le armate veneziane risollevatesi dalla disfatta la liberarono.

Ogni anno alla terza domenica di giugno si celebra il Palio della Marciliana, a ricordo delle gesta dei Chioggiotti e dell'ingresso trionfale del doge nella città liberata.